В Тотемском районе доминирует православное направление христианства.
Приход храма Святой Троицы Русской Православной церкви (Московский Патриархат) имеет свидетельство о государственной регистрации религиозной организации от 27.08.1999 № 072. Юридический адрес: 161300 г.Тотьма, ул.Герцена, д.4. Настоятель храма протоиерей о.Георгий Титов. Богослужения проходят в храме Рождества Христова. Работает воскресная школа.
Приход храма Преподобного Вассиана Тихненского (Московский патриархат) имеет свидетельство о государственной регистрации религиозной организации. Юридический адрес: 161315 Тотемский район, п.Юбилейный, ул.Школьная, д.7. Настоятеля храма нет. Богослужение ведет О.Георгий Титов. 7738 кв.м. земли находится в бессрочном пользовании. Аренда не оформлена.
Приход храма Покрова Пресвятой Богородицы (Московский патриархат) имеет свидетельство о государственной регистрации. Юридический адрес: 161322 Тотемский район, д.Устье. Настоятеля нет. Богослужение временно не ведется. Земля 50 соток в бессрочном пользовании.
Местные газеты к религиозным праздникам публикуют материалы, в том числе и выступления о.Георгия Титова.
На территории Тотемского района существует религиозная группа - Свидетели Иеговы. Основной состав проживает в Калининском сельсовете. Примерная численность 10-12 человек. Действуют открыто по трактованию Библии населению. Жалоб на их деятельность нет. Местные органы власти о своей деятельности не уведомляли. В прокуратуре, суде вопросы, связанные с деятельностью религиозных организаций не рассматривались, т.к. фактов нарушения законодательства не установлено.