Через десять лет в писцовых книгах 1687-1688 годов Никольская и Георгиевская церкви описаны почти тождественно с книгами 1676-1679 годов и только при описании церковной земли прибавлено: "...что в Богдановых книгах Засецского написано на той на церковной земле подле кладбища в восьми кельях нищие старицы,- и в прошлом во 190 году (1682) те нищие старицы по указу Великих Государей переведены за реку Сухону в Новодевичь монастырь"47 .
Во второй половине XVI11 века, в восьмидесятых годах, Георгиевский приход официально почему-то был переименован,- назывался Архангельским, и церковный причт во всех бумагах с этого времени подписывался Архангельским; так, к челобитной тотемских приходских священников архиепископу Геласию (1682 г., 28 июля) "Архангельский поп Иоан руку приложил... архангельский дьячок Ивашко Пахирев приложил, архангельский пономарь Максимко Григорьев руку приложил"48 .
О дальнейшей судьбе Георгиевской и Архангельской церквей за время с 1689 по 1740 год никаких точных сведений пока не имеется, да и следующих годов известия об них довольно отрывочны и нередко противоречат друг другу. По церковной летописи Богоявленского собора, к которому Георгиевская церковь приписана, первоначально она построена и освящена в 1763 году, а в печатном описании Тотемского Богоявленского собора49 сказано, что она "построена и освящена первоначально в 1739 г., по благословенной грамоте преосвященного Гавриила, архиепископа Великоустюжского и Тотемского". Как видим, оба эти известия не соответствуют вышеизложенным фактам, и, вероятно, в обоих здесь случаях надо разуметь время постройки церкви из камня. Противоречие же в указании дат, кажется, можно объяснить тем, что автор описания собора отождествляет Георгиевскую церковь с Архангельской, которая, по его мнению, была сложена из камня за несколько лет до пожара 1743 года50.
Таким образом, можно полагать, что деревянная Никольская церковь с приделом Михаило-Архангельским была сломана до пожара и на месте ее в 1739 году была сложена из камня Михайло-Архангельская, а Георгиевская церковь в 1743 г. сгорела и вместо нее в 1763 г., как сказано в летописи, была построена каменная того же наименования. За неимением других сведений, мы не можем сказать, насколько эти даты точны. Известно только, что каменная Георгиевская церковь долгое время стояла недостроенною, был только один нижний этаж, а службы совершались в Михайло-Архангельской церкви. П. И. Челищев, бывший в Тотьме в октябре 1791 г., в своем дневнике пишет: "В Архангельском приходе две каменныя церкви: двухэтажная о трех престолах; внизу настоящий (т. е. главный) - Успению Пресвятыя Богородицы, придел Николаю чудотворцу; вверху - Архангелу Михаилу; другая - великомученику Георгию"51 .
В 1843 г. во время третьего большого городского пожара, по летописи Предтеченской церкви, Архангельская церковь сгорела. Насколько пострадала Георгиевская церковь, неизвестно, но только после пожара Архангельская церковь была разобрана, а Георгиевская после значительных переделок возобновлена на средства тотемского купца Манзырева и вновь освящена в 1845 году. В 1869 году, после новых значительных поправок, она была вновь освящена52 .
По смеси архитектурных стилей в постройке Георгиевской церкви при первом же взгляде на нее видно, что она выстроена не за один прием, и что сначала предполагали построить ее в два этажа. А именно. Колокольня круглая, уже классических форм первой половины XIX века, и по своей высоте слишком непропорциональна низкому корпусу церкви, очевидно, была разсчитана на двухъярусный корпус. Существующий корпус церкви более древнего происхождения, чем колокольня, но благодаря позднейшим переделкам представляет смесь русского стиля с европейским (напр.: полукруглые окна и над некоторыми из них уцелели кокошники); по своей высоте и низким сводам внутри видно, что корпус предназначался для нижнего этажа. Снаружи у корпуса уцелели от первоначальной постройки, кроме кокошников над окнами, карниз у алтарной апсиды, пилястры и поясок у цоколя. Над среднею частью храма надстройка (четверик) сделана из дерева и покрыта куполом, на который поставлен глухой восьмигранный фонарь с алтарною главкою.
Внутренняя отделка Георгиевской церкви довольно бедна. Иконостас простой столярной работы и построен недавно, старинные иконы поновлены. Из них, как наиболее чтимые, отметим икону Знамения Божией Матери (по левую сторону царских врат) и икону Николая чудотворца, сопровождавшую Тотемскую дружину ратников во время Крымской войны.