С момента вступления в должность Г. С. Серебряков с большим энтузиазмом занялся приобретением оборудования для мастерских вверенного ему заведения. Не найдя в магазинах Петербурга и Москвы инструментов, необходимых для производства игрушек из листовых материалов, Г. С. Серебряков выписал их по каталогу известных немецких фирм из-за границы. Уже в декабре 1899 года им были заказаны из Баварии и Саксонии готовальни, жестяницкие инструменты и машины. Принимая во внимание, что школа была открыта в столь небольшом городке, как Тотьма, фирмы предоставили свой товар бесплатно. По ходатайству Г. С. Серебрякова был организован их беспошлинный провоз через таможни Санкт-Петербурга и Ревеля.
Г. С. Серебрякову принадлежит большая заслуга по организации учебных мастерских, по налаживанию учебно-производственного процесса и досуга учащихся. Читая его почти ежедневную переписку с директором народных училищ Вологодской губернии, нельзя не удивляться неутомимой энергии этого человека, постоянно вымаливавшего то помещение для сушки леса и хранения изготовленных учениками изделий, то деньги на содержание школьного дома в наем, то разрешения открыть при школе склад книг, учебных пособий и организовать бесплатную раздачу их ученикам. Словом, много было всяких просьб на первых порах. Часть из них удовлетворялась, а некоторые вызывали даже раздражение, о чем ему так и заявляли: "Прошу по пустякам не беспокоить". С большим трудом он выпрашивал жалованье для преподавателей, денежные пособия на учеников. В случае крайней необходимости Г. С. Серебряков смело обращался к вологодскому губернатору, например, с просьбой предоставить школе типолитографический станок (вместо него получил гектограф). Когда же дело касалось учеников, Г. С. Серебряков посылал телеграммы. Уже в январе 1900 года он просит разрешить не только бесплатное обучение учеников первого года обучения, но оплатить и другие повседневные расходы, поскольку "нынешний контингент во вверенной мне школе чрезвычайно беден". Действительно, плата за обучение ни с кого не взималась, но требовалось немало средств на другие нужды. Г. С. Серебряков, не скрывая всего этого, писал: "...приходя в 7 часов утра и уходя из нее зачастую в 10-11 часов ночи, я отлучаюсь из школы лишь на обед; вечерний и утренний чай имею с учениками, коих частью пою на земский счет, частью на свой"8. Благодаря неиссякаемой энергии Г. С. Серебрякова при школе были созданы учительская и ученическая библиотеки. Список книг для них включал русские и иностранные издания, альбомы и атласы по плетению корзин, жестяницкому и токарному делу. В школе был организован ученический хор, который пел в Богоявленской церкви.
Обучение в школе продолжалось в течение всего года за исключением рождественских, пасхальных и летних каникул (последние были с 10 июля по 15 августа). Занятия начинались с 1 сентября. С 1 мая по 15 июня и с 15 августа по 1 сентября проводились исключительно практические занятия в мастерских.
До постройки нового здания учителя и руководители мастерских нанимали квартиры, на оплату жилья деньги поступали из средств Н. И. Токарева. Некоторые ученики тоже жили на квартирах в подгородних деревнях. Обсуждая вопрос о возможности с пользой проводить рождественские и масляничные вакации, педсовет решил уже в первые годы работы школы устраивать для учеников елку и ученические спектакли.
Расписание годичных испытаний в Петровской ремесленной школе за первый год обучения в мае 1900 г. включало русский язык, арифметику, Закон Божий, столярное, корзинное, жестяницкое, малярное дело, техническое черчение с геометрией, рисование, чистописание, и пение. Помимо преподавателей школы, экзамены принимали настоятель Тотемского Спасо-Суморина монастыря архимандрит Афанасий, инспектор народных училищ Н. Благов, директор учительской семинарии Н. Я. Соболев, городской глава А. М. Кокорев, председатель земской управы В. Т. Попов и уездный исправник В. Е. Введенский. Ими же был произведен осмотр практических работ в мастерских, которыми все остались очень довольны.