В течение последующих годов XVII в. в церквах Богословского погоста, по-видимому, существенных переделок не было, так как в переписных и писцовых книгах этого времени они описаны так же, как и в книгах 1623-1625 гг. Отмечены лишь небольшие подробности в архитектуре их, в земельных владениях да перемены в составе клира. Так, в переписных книгах 1646 г. сказано только: "Церковь Иванна Богослова; церковь страстотерпцев Христовых Бориса и Глеба. Да на церковной же земле во дворе поп Петр. А стоят церкви и двор на Троицкой земле Сергиева монастыря" 27.
В писцовых книгах 1676-1679 гг. погост и церкви описаны подробнее: "Погост на реке Ковде, а в нем церковь св. Иоанна Богослова, древяная, клецки, теплая, с трапезою. В церкви образов... Другая церковь святых страстотерп. Бориса и Глеба древяная, клецки, клинчата. В церкви образов... На колокольне три колокола медные. Кладбища вдоль, от реки Ковды до полевых полос, 29 сажен, поперег, от попова двора до церковной пашни, 19 сажен. Церковного причту на Церковной земле во дворе поп Алексей Петров з братьями... И всего один двор попов, а людей вместе с попом 7 человек. Пашни две чети в каждом поле, сена 5 копен, лес ввопче з деревнями".
В переписной книге тех же писцов описание сокращено, но есть особые отметки. "Церковь Иванна Богослова древяная, клецки, клиньчата; другая церковь святых великомуч. Бориса и Глеба древяная ж., клецки, клиньчата ж. Церковного причту поп Алексей Петров... братья ево Бориско дьячит, Ивашко пономарит"128.
В писцовых книгах 1687-1688 гг. о Богословском погосте ничего нового не сказано129, только в описании церквей отпущены слова "клецки" и "клинчата". От XVII в. сохранилось еще дело 1695 г. Устюжскаго архиерейского разряда о поклепе женки Татьянки с Тотьмы города на богословского попа Алексея из варниц и тотемца Тимошку Кумохина, где упоминается Богословский приход у новых варниц, но нет о нем никаких подробностей (См. Рус. Истор. Библиотеку, т. XII, стр. 1144-1145, изд. СПб., 1890 г.).
За первую половину XVIII века никаких данных о Богословском погосте не имеем. В окладной книге монастырей и церквей Великоустюжской епархии за 1755 г. Богословская церковь показана в числе приходских церквей "на посаде", т. е. в числе городских130. Указом от 9 июля 1760 года преосвящ. Варлаама, еп. Великоустюжского и Тотемского, вследствие прошения "города Тотьмы старого посаду Воскресенской церкви священников Алексея и Иоанна с причетники и церковным старостою", разрешено было перекрыть новым тесом, "дабы впредь течи не было и церквам свядым повреждения не чинилось", в Воскресенском приходе Воскресенскую с приделы да при убогом доме в Богословском приходе теплую Борисоглебскую церковь131.