Между тем в "подлинных переписных книгах 1677- 1678 годов" у тех же писцов о соборных храмах сказано кратко: "Город Тотма, а в нем соборная церковь Рождества Пречистыя Богородицы, древяная, клецки; да другая церковь Богоявления Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, древяная ж, клетцки, с трапезою", и только30.
За последующие десять лет в архитектуре храмов почти не произошло никаких изменений, и в новых писцовых книгах 1687-1688 гг. соборные храмы описаны почти буквально одинаково с книгами 1676-1679 гг., только в описании Богоявленской церкви прибавлено: "...у церкви верх бочешной, об одной главе..."31.
О дальнейшей судьбе соборных храмов, начиная с 1689 и по 1743 год, никаких сведений пока не найдено. Известно только, что с конца XVII века (с 1688 года) собор в официальных бумагах стал иногда именоваться "Богоявленским", с XVIII века это наименование уже окончательно за ним и остается. В писцовых книгах 1687-1688 гг. он назван еще Пречистенским, так, например: "...да на Тотме ж позади Егорьевские улицы, подле Боярского лугу, полянка церковная, что дана вместо Мановского лугу, а владеет той полянкою соборной церкви протопоп Федор Михайлов з братьею по старине и по прежним писцовым книгам писцов Фоки Дурова да подьячего Остафья Калюпанова 131, 132 и 133 годов"32.
Между тем в том же 1688-м году, 29 июня, в челобитной преосв. Александру, архиепископу Велико-устюжскому и Тотемскому, написано: "...с Тотмы богомолец твой, соборной церкви Богоявления Господня протопоп Федор Михайлов... челом бьет33. Также подписался тот же протопоп Федор и в челобитной 1691 г., 6 февр.34, но в челобитных 1694 г. 29 окт. и 1701 г. 17 июля он же именует себя по-прежнему протопопом "города Тотмы соборной церкви Рождества Богородицы"35.
В 1743 году соборные храмы вместе с прочими городскими постройками сгорели. Из них успели спасти очень немногое: несколько церковных сосудов, два Евангелия и несколько икон. В следующем же 1744 г. вместо сгоревших храмов была начата постройка уже одной каменной двухэтажной церкви, которая и закончена в 1749 году. В длину храм, как видно из церковной летописи, был 15 сажен, а в ширину - 6'/2 с.; посредине возвышался осьмерик с пятью главами. В нижнем этаже, теплом, престол был освящен во имя Богоявления Господня, а в верхнем, холодном,- во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Внутри храмы были расписаны живописью. Особенно роскошною отделкою отличался верхний холодный храм. В алтаре его, над престолом, была резная золоченая сень, на осьми столбах с четырьмя резными фигурами ангелов и с образом "Сошествия св. Духа на апостолов". Иконостас был резной, вызолочен до самого свода, из шести ставов36. Колокольня была деревянная и стояла отдельно от храма. Каменная же колокольня внизу с храмом во имя Димитрия Ростовского, была построена только в 1764 г. на средства местного купца и соборного старосты Алексея Потемина. В 1774 году в трапезе Дмитриевского храма им же был устроен теплый придел во имя преподобного Михаила Малеина, а вход в Дмитриевский храм был сделан с южной стороны37.