В 1644-1645 гг. деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи пришла уже в ветхость, и вместо ее рядом же была построена новая деревянная церковь того же наименования. В переписных книгах 1646 г. сказано: "В Саблине конце церковь ветхая Рождество Ивана Предтечи; другая церковь новыя Рождество Пиана Предотечи", затем перечислены на церковной земле кельи старицнищих и бобылей73. В писцовых книгах 1676-1679 годов "В Саблине конце" уже записаны: "церковь теплая, древянная, клетцки, о две главы, Всемилостивого Спаса вход Иеросалим, с трапезою, да в приделе св. пророка Ильи; в церкви образов ... другая церковь Рождество Ивана Предотечи, древянная, о пяти главах, с папертью; в церкви образов ...; да колокольня на четырех столбах, верх шатровой, а на колокольне 4 колоколы..."74. Когда был построен новый храм в честь Входа Господня во Иерусалим с приделом во имя пророка Илии, неизвестно, но только со времени построения его в официальных бумагах Предтеченский приход стал именоваться "Спасским", так напр., в челобитной тотемского городского духовенства, поданной в 1682 г. преосвященному Геласию, архиепископу Великоустюжскому и Тотемскому, священник этих церквей подписался: "к своей челобитной спаской поп Матвей руку приложил"75 .
В писцовых книгах следующей переписи, бывшей в 1687-1688 годах, обе церкви описаны так же, как и в книгах 1676-1679 гг., а именно: "в Саблине конце церковь во имя Всемилостивого Спаса входа в Иерусалим да в приделе св. пророка Илии, древянная, теплая, с трапезою, о две главы; другая церковь Рождество Иоанна Предотечи, холодная, древяная о пяти главах; с папертми; колоколна на четырех столбах, ветхая, верх шатровой; на колокольне 4 колокола... а кругом церкви у кладбища з две стороны ограда, древянная, рубленая в клетках"76.
В 1738 г. по церковной летописи рядом с деревянными церквами на средства секретаря Великоустюжской консистории Ивана Григорьева Фирсова были построены "две каменные в одной стопе (т. е. в одной связи) церкви с великим украшением: "холодная во имя Рождества Иоанна Предтечи и теплая во имя прор. Илии. В 1740 г. эти церкви были освящены. В 1743 году во время городского пожара деревянные церкви: Входа Господня в Иерусалим с приделом пророка Илии, и Предтеченская, а также и деревянная колокольня - сгорели, и остались "токмо две каменные церкви в одной стопе", которые существуют и по настоящее время.
После пожара, в том же 1743 году, была произведена опись уцелевшим церквам, а в 1768-м году - другая, более подробная. Из этих описей видно, что алтарь и средняя часть Предтеченского храма были украшены настенною живописью. На алтарном своде было изображено Сошествие Св. Духа на апостолов, на горнем месте - Знамение Пресвятой Богородицы, на южной стороне под окном, Нерукотворенный образ, а между окнами - лик святителей; на северной стороне, над жертвенником - "Се Агнец Божий". В средней части храма вверху, на своде восьмерика, было написано изображение Господа Саваофа, на четерех стенах между окнами второго яруса - праотцы, а ниже - "страсти Христовы" и евангельские проповеди и притчи, и "всяких святых образы". Иконостас в Предтеченском храме был резной, золоченый, о пяти станах. Клироса круглой формы столярной работы, на них изображены красками святые праотцы - двенадцать Иакова77.
В Ильинском приделе иконостас был о двух ставах, гладкий "точин с резьбой и высеребренный". Замечательно, что у пономарских дверей была "завеса бумажная, красная, вместо дверей". Эта завеса упоминается еще и в описи церквей 1808 года, в описи же 1831 г. сказано: "на северных пономарских вратах изображен Иоанн Предтеча в молении". Церковных сосудов потир, дискос и др. по описи 1743 г. были двои: одни серебряные, а другие оловянные, два венца "ради бракосочетающихся, жестяные, писаны красками", кадил церковных: одно серебряное "новоманерное, о четырех цепях" и три медные (должно быть, старой формы, т. е. в виде тех, какие и по настоящее время употребляются у старообрядцев), хоругвь одна, из четырех местных подсвечников один был "деревянный со слюдяным блюдцем", купель, "в которой крещение младенцам бывает, древянная, на ногах"78.
Взамен сгоревшей в 1743 г. деревянной колокольни близ церкви была построена временная деревянная колокольня, на шести столбах, на которой, по описи 1769 г., значится восемь медных колоколов. Кругом церкви была деревянная ограда "нарежу", по описи 1769 г., уже ветхая.