В указе, как видим, Борисоглебская церковь названа теплою. В XVII же веке до 1688 г. по писцовым книгам теплою значилась Богословская церковь. Если в указе не произошла ошибка, то отсюда следует заключить, что церкви когда-то, после 1688 г., были переделаны. К сожалению, за период с 1688 по 1760 г., как уже сказано, точных данных не имеется. "Убогим домом", при котором по указу стояла теплая Борисоглебская церковь, в старину называлась общая могила, в которую в течение целого года хоронили утопленников, удавленников и вообще всех умерших неестественною смертью, а потом уже зарывали ее. Такие "убогие дома" в России устроялись большею частью при городах до 1771 г. Впрочем, едва ли название "убогий дом" не обозначало иногда и просто кладбище.
В описании приписных церквей к Богоявленскому собору132 говорится, что "теплая церковь (приделы ап. Иоанна Богослова и мучеников Бориса и Глеба) построена и освящена в 1759 году, а холодная (Покровская) в 1785 году". Вероятно, здесь разумеется время построения существующей каменной церкви. Но указанные данные неправильны. В 1916 году при осмотре церкви нами были найдены два храмозданных деревянных креста, заложенных за местною иконою у пономарских (северных) дверей. На одном из них написано: "освятися жертвенник... во храме св. славного и всехвального апостола и евангелиста Иоанна Богослова... по благословлению преосвященного Иоанна, еп. Великоустюжского и Тотемского, в лето 1777 месяца октября в 31 день на память св. апостола Стахия", на другом: "освятися жертвенник... во храме святыхъ страстотерпцов Бориса и Глеба... по благословлению преосвященного Иоанна, еп. Великоустюжскаго и Тотемскаго, в лето 1778 месяца яннуария в 16 день на память Поклонение честным веригам св. всехвального апостола Петра". Таким образом, теплая церковь построена и освящена не в 1759 году, а в 1777-1778 гг.
В восьмидесятых годах XVIII века Богословская церковь уже числилась градской бесприходной кладбищенской. Так на плане "Новоусольской варницы и полянки Бабичихи", составленном в 1782 году и находящемся в настоящее время, в 1917 году, у совладельца тотемских варниц Н. Д. Ракова, в числе поверенных подписались "загородной Богословской безприходной кладбищенской церкви священник Варфоломей Иванов и тоя же церкви дьячек Иван Цивилев". В ведомостях за 1788 г. она тоже записана безприходною133. П. И. Че-лищев, бывший в Тотьме в 1791 году, в своем дневнике о Богословской церкви пишет, что она стоит "особо от городского строения при речке Ковде на кладбище; в ней три престола: первый - Покрова Пресвятая Богородицы, второй - ап. и еванг. Иоанну Богослову, третий - благоверным князем Борису и Глебу"134. С 1816 г. указом Священного Синода Богословская кладбищенская церковь приписана к Тотемскому Богоявленскому собору и не имеет уже самостоятельного причта135.
В 1848 году, вследствие обветшания теплой и холодной, обе церкви были возобновлены усердием тотемского купца Михаила Ивановича Кокорева. Теплый храм после окончания работ освящен в 1849 году, а холодный - в 1858 году136. Наконец в 1906 году холодный Покровский храм внутри был отделан и украшен живописью работы мастера В. М. Козырева. (Прим, см. там же).
После указанных существенных поправок от первоначальных украшений каменного здания Богословской церкви снаружи остались, кажется, лишь одни восьмерики над храмом, наличник от бывшей когда-то входной двери на колокольню (слева от входа в церковь) да местами барочные орнаменты. Внутри же храма вся отделка новая. Иконостасы в теплом храме простой столярной работы. Красив многоярусный, весь золоченый, в стиле барокко иконостас холодного храма. Весь иконостас и даже колонны, которые только внизу канне-лированы, покрыты одной мелкой плоской резьбой. Такой же иконостас, очень сходный, существует еще при Варницкой церкви в верхнем Воскресенском храме. Сходство их объясняется тем, что оба иконостаса да и оба храма были переделаны в одно и то же время вышеупомянутым М. И. Кокоревым. Из предметов, украшавших первоначально Богословскую церковь, сохранилось очень немного. Из старых икон сохранилось две-три; из них отметим в теплом храме икону Иоанна Богослова и в холодном, у правого клироса, образ Вседержителя, а также упоминаемый в описании города Тотьмы В. Т. Попова (изд. 1887 г., стр. 11) старый синодик Богословской церкви, в котором записан род Строгановых.